呼爾滿大捷后，清軍一舉扭轉南疆戰局，富德與兆惠合兵一處，黑水營之圍亦解，南疆的清軍實力為之一振，反觀和卓叛軍，他們以數萬之眾圍困兆惠3000人，百日而不下，又在呼爾滿之戰中，被富德率領的清軍重創，5000名最精銳的叛軍主力傷亡殆盡，叛軍士氣跌落，雙方攻守易形。而后各路清軍也陸續南下，南疆的清軍實力更加壯大，兵強馬壯起來的兆惠遂著手開始籌備反攻事宜。

在兆惠的反攻下，清軍接連攻取和闐、葉爾羌、喀什噶爾（喀什）等重鎮，大小和卓只得如喪家之犬一般倉皇西逃到拍米爾高原，試圖利用帕米爾高原嚴酷的自然環境和漫長的后勤補給線，在那里與清軍做長期周旋，兆惠本著「宜將剩勇追窮寇」的原則繼續追擊，并連續作戰，打了三場漂亮的殲滅戰（霍斯庫魯克之戰、阿爾楚爾之戰、伊西洱庫爾淖爾之戰），徹底打掉了大小和卓叛軍的最后有生力量，將大清帝國的軍旗插在了皚皚的帕米爾高原的雪山山。因帕米爾高原的古稱為蔥嶺，是故稱之為「蔥嶺三戰」。今天就來簡單講一講蔥嶺三戰的故事。

霍斯庫魯克之戰。兆惠攻取喀什噶爾后，以綠營兵悍將閆相師率本部綠營兵留守喀什，同時以參贊大臣明瑞、愛隆阿等率兵追擊大小和卓；乾隆二十四年（1759年）閏六月十五日，明瑞、愛隆阿率2000清軍，進入帕米爾高原的群山之中搜尋大小和卓。閏六月二十八日，明瑞的前鋒部隊900人在霍斯庫魯克嶺（在喀拉湖以北），遭遇了大小和卓所部的6000人主力叛軍。雙方在此激戰三個多時辰（6個多小時），清軍大勝，斬首500余級，生擒30余人，清兵傷亡100余人。因為叛軍人數眾多，且清軍因馬匹勞累，無力繼續追擊，大小和卓得以繼續西逃。

阿爾楚爾之戰。乾隆二十四年（1759年）七月初，富德、阿里袞與明瑞在喀喇烏蘇會師，清軍實力為之一振，富德從中揀選4000精騎，繼續追擊大小和卓。七月九日，清軍在阿爾楚爾（在今塔吉克斯坦戈爾諾-巴達赫尚自治州穆爾加布區東南）遭遇大小和卓叛軍。富德以火器營、健銳營居中策應，以騎兵從兩翼包抄迂回到和卓叛軍側后，切斷其退路，并搶先奪取奪取南、北阿爾楚爾山制高點，對和卓叛軍形成居高臨下的有利態勢。雙方激戰一整天，清軍斬殺叛軍1000余人，生擒50余人，陣斬和卓叛軍大將阿卜都克勒木，叛軍為之氣泄。大小和卓只得帶著殘部倉皇再次西逃。

伊西洱庫爾淖爾之戰。乾隆二十四年（1759年）七月十日，清兵尾隨追擊和卓叛軍至阿爾楚爾以西的布隆庫勒，清軍哨探偵知大小和卓在布隆庫勒湖東北的伊西洱庫爾淖爾（塔吉克斯坦東南之葉什勒池）湖畔扎營。富德決定出其不意，再打他一仗。當時清軍已經連續作戰、疲憊至極，大小和卓怎麼也想不到這些清軍會如此「不離不棄」。但富德真就是「不離不棄」，富德以阿里袞、達爾黨阿、由屯、官長保、瑚什等清軍悍將率軍500，潛行西進，堵截大小和卓去路；七月十一日，富德帶著巴祿、明瑞、阿桂、傅景、瑚爾起等清軍悍將還有1000名精銳的八旗兵，抵達伊西洱庫爾淖爾，隨即發起了對和卓軍大營的進攻。叛軍在清軍的攻勢下，迅速崩潰，退路又被切斷，紛紛向清軍請降，大小和卓僅率妻子、奴仆三四百人逃亡巴達克山（今阿富汗東北部）。

蔥嶺三戰后，大小和卓的勢力徹底退出了新疆，不久后在巴達克山被清軍俘獲，清軍實現了對天山南北的全部掌控，乾隆實現了收復漢唐故土的千年夙愿，大清帝國的軍功達到鼎盛。